Одной из форм подчинения является ставропигиальный монастырь или храм, который находится под юрисдикцией Предстоятеля (Патриарха), независимо от его местоположения. Однако, прямым управлением таких обителей занимается наместник. В случае женского монастыря, роль наместника выполняет игуменя. Например, настоятелем самого известного монастыря России — Троице-Сергиевой Лавры — является патриарх Московский и всея Руси Кирилл, а его наместником в 2020 году назначен епископ Фома (Демчук).
В других случаях монастырь может находиться в прямом подчинении епархиального архиерея. В Положении о монастырях и монашествующих, принятом на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в 2017 году, описывается такая ситуация: «Согласно пункту 25 определения Освященного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви 2011 г. 'О вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Русской Православной Церкви': 'Правящие архиереи могут быть настоятелями (священноархимандритами) исторически значимых или крупнейших монастырей епархии в порядке исключения'».
Епархиальный архиерей особенно заботится о обителях, где он является священноархимандритом: совершает богослужения, заботится о духовном развитии и благополучии монастырей, а также стремится, чтобы они были примером для других обителей в епархии. Прямое руководство такими монастырями возлагается на игуменов, которые назначаются Священным Синодом по рекомендации епархиального архиерея и выполняют полный набор обязанностей, предусмотренных для игуменов Уставом Русской Православной Церкви, уставом монастырей и данного Положения. Игумены обителей, где епархиальные архиереи являются священноархимандритами, называются наместниками и согласно установленному чинопоследованию назначаются игуменами.