Исаия Отшельник родился в бедной египетской семье. Его образование в основном основывалось на чтении Священного Писания. В 431 году он устремился в Скитскую пустыню в Нижнем Египте, где решил поселиться.
На начальном этапе своего монашеского пути Исаия получил наставления от преподобного Пимена Великого и включил некоторые из его изречений в свои сочинения. Он был известен своим крайним смирением и имел дар благодатного плача. Монахи своего времени уважали его как подвижника и искали его наставления. Александрийский патриарх того времени также был знаком с отшельником Исаией и считал его праведником.
В конце своей жизни Исаия полностью отдал себя отшельничеству, что и послужило основанием для его прозвища.