Первоначально Новодворская икона Божией Матери была написана святителем Петром, митрополитом Московским (память 21 декабря) примерно в 1320 году. Еще будучи иеромонахом монастыря на Волыни, Петр попросил благословения у игумена, чтобы покинуть обитель и поселиться в уединенном месте. Недалеко от места, названного Новый Дворец, на берегу реки Рати, он построил келью и начал вести аскетический образ жизни. Вскоре на этом месте возник монастырь, получивший название Новодворского монастыря.
В период гонений униатов, после подписания Брестской унии, Новодворский монастырь был ограблен, и святая икона была перенесена иеромонахом Иаковом в Черниговский Елецкий Свято-Успенский монастырь. Позднее, епископ Антоний (Стаховский) из Чернигова благословил икону и передал ее Симеону, строителю Суражской обители.
В августе 1677 года во время переноса иконы из старой церкви в новую, перед собравшимися верующими произошли чудеса, свидетелем которых был святитель Димитрий Ростовский. Впоследствии икона была помещена в Новгород-Северский Спасо-Преображенский монастырь, который позднее был закрыт в 1950-х годах. Сам оригинал иконы во время тяжелых времен был потерян.
Один из иноков монастыря, куда список с чудотворной иконой был перенесен, доставил его в город Нежин, где в 1997 году он был помещен в местную Крестовоздвиженскую церковь. Еженедельно перед иконой служится акафист Покрову Пресвятой Богородицы.
Списки с изображением чудотворной Новодворской иконы Божией Матери также находились в Каменском Успенском женском монастыре Новозыбковского уезда Черниговской губернии и в Киевском Златоверхом Михайловском монастыре.
В 2004 году во время посещения Спасо-Преображенского Новгород-Северского монастыря президентами России, Украины и Беларуси, список с изображением иконы, написанный в XVIII веке, был передан в дар обители.
Новодворская икона Пресвятой Богородицы представляет собой поясное изображение Богоматери с Божественным Младенцем на ее левой руке, украшенных венцами.