Для покаяния в грехе аборта существует Таинство Покаяния (Исповедь), на которой священник в частном порядке назначает епитимью в соответствии с духовным и телесным состоянием кающегося, возрастом, состоянием здоровья и прочими обстоятельствами.
Аборт — один из самых тяжких грехов. Святая Церковь, согласно канонам (правилам), отлучала совершивших грех аборта от причастия на 10 лет, наравне с убийцами. В сложившейся церковной практике во всей строгости это правило не применяется, но священник может назначить молитвенное правило для исправления кающегося, для того, чтобы он пришел к истинному покаянию.
В 2016 году Священный Синод утвердил текст молитвенного последования с каноном покаянным о грехе убийства чад во утробе (аборте). В качестве покаянных молитвословий можно также использовать канон покаянный ко Господу нашему Иисусу Христу или Служба Вифлеемским младенцам, написанная Андреем Критским.
В подобной ситуации святитель Николай Сербский советует заниматься делами милосердия. Под делами милосердия в первую очередь понимается активное покаяние, которое включает отговаривание женщин от совершения абортов, помощь беременным женщинам, нуждающимся в поддержке, и участие в деятельности православных защитников жизни (пролайф).
Не следует самостоятельно назначать себе молитвенные правила и использовать сомнительные с точки зрения церковного учения тексты молитв, например, акафист «покаянным женам, загубившим младенцев во утробе своей» или «Правило» схимонахини Антонии.
Более подробно о судьбе некрещенных младенцев, погибших в утробе матери, рассказывается в книге архимандрита Рафаила (Карелина) «Как вернуть в семью потерянную радость».

Молитва о грехе убийства чад во утробе
Господи, Иисусе Христе, Сыне Божий, Источник жизни и бессмертия, пришедший в мир грешные спасти! Призри на нас, недостойных рабов Твоих, сердца и тела пред величеством славы Твоей преклоняющих, согрешили, беззаконничали, неправедны были пред Тобою, но, на щедроты Твои и милость Твою уповающе, со слезами молим: милосердный и всемилостивый Господь, прости и помилуй нас, любовь Твою отвергших, закон евангельский поправших, страстьми ум свой ослепивших, чад своих в безумии убивших, иных к сему смертному греху подвигших или преступному их намерению не воспрепятствовавших. Ведаем, Господи, что достойны мы огня геенского и вечной муки, но имея и человеколюбия Твоего образы: разбойника, мытаря, блудницу, блудного сына, которые покаянием отверзение дверей Царствия Небесного и помилование улучивших. Темже ко множеству щедрот Твоих взываем: прими искреннее раскаяние наше и сердце, оскверненное безмерными грехами, человеколюбиво очисти. Призри, всесильный Господи, на людей Твоих, вразуми братий и сестер наших, творящих беззакония; воссияй истиною Твоею в сердцах заблудших и во тьме пребывающих, загради уста нечестивых и лукавых, детоубийство проповедующих; просвети разум матерей, чад своих во чреве своем умерщвляющих; удержи руку врача-детоубийцы всесильною десницею Твоею; пресеки творимое кровавое беззаконие. О, многомилостивый и долготерпеливый Господи! Молитвами Пречистой Твоей Матери, Владычицы нашей Богородицы и Приснодевы Марии и всех святых, особенно ходатайством святых мучеников младенцев, в Вифлееме от Ирода убиенных, даруй нам время на покаяние, да, по заповедям Твоим поживше, настоящих зол и будущих вечных мук освободимся и со благою надеждой и истинным уверением к тамошнему миру пойдем, прославляюще Безначального Твоего Отца, с Которым благословен Ты, со Всесвятым и Благим и Животворящим Твоим Духом, ныне и всегда и во веки веков. Аминь.
Покоянная молитва к Иисусу Христу
Владыко Христе Боже, Иже страстьми Своими страсти моя исцеливый и язвами Своими язвы моя уврачевавый, даруй мне, много Тебе прегрешившему, слезы умиления; сраствори моему телу от обоняния Животворящаго Тела Твоего, и наслади душу мою Твоею Честною Кровию от горести, еюже мя сопротивник напои; возвыси мой ум к Тебе, долу поникший, и возведи от пропасти погибели: яко не имам покаяния, не имам умиления, не имам слезы утешительныя, возводящия чада ко своему наследию. Омрачись умом в житейских страстех, не могу воззрести к Тебе в болезни, не могу согретися слезами, яже к Тебе любве. Но, Владыко Господи Иисусе Христе, сокровище благих, даруй мне покаяние всецелое и сердце люботрудное во взыскание Твое, даруй мне благодать Твою и обнови во мне зраки Твоего образа. Оставих Тя, не остави мене; изыди на взыскание мое, возведи к пажити Твоей и сопричти мя овцам избраннаго Твоего стада, воспитай мя с ними от злака Божественных Твоих Таинств, молитвами Пречистыя Твоея Матере и всех святых Твоих. Аминь.